На третьей ступени в лицее   организуется профильное обучение на базе общеобразовательной подготовки с учетом потребностей, склонностей, способностей и познавательных интересов обучающихся. Индивидуальный учебный план выстраивается на основе базисного учебного плана. Базисный учебный план третьей ступени отражает обязательный минимум содержания образования для всех профилей образования.

Использование индивидуального учебного плана при профильном обучении позволяет реализовывать различные образовательные потребности обучающихся, их семей, их родителей.

Учебный план не задает жесткого набора предметов для каждого из возможных направлений и профилей образования. Каждый ученик вправе самостоятельно указать, интересующий его набор учебных предметов (базовых, профильных, элективных) из числа предлагаемых лицеем в пределах допустимой учебной нагрузки. Такой подход позволяет каждому ученику формировать индивидуальный учебный план, практически свою строго индивидуализированную образовательную программу, и индивидуальный образовательный маршрут.

Под индивидуальным учебным планом понимается совокупность учебных предметов (курсов), выбранных для освоения обучающимися из учебного плана лицея, составленного на основе Федерального базового учебного плана.

На  третьей ступени обучения за счет часов школьного компонента осуществляется профильная подготовка учащихся, включающая организацию индивидуальной и групповой поисково-исследовательской и проектной деятельности учащихся, обеспечивающая личностную ориентацию старшеклассников с учётом их будущих профессиональных намерений.

В процессе подготовки лицеистов к продолжению обучения в системе непрерывного образования создаются реальные возможности для внешней и внутренней дифференциации личности. На основе Договора о совместной  деятельности лицея №  2  и СибГТУ для учащихся профильных 10–х классов предоставлена возможность обучаться в СибГТУ  на элективных курсах по выбору.